Juupajoen kunnan sivistystoimi tarjoaa mahdollisuuden peruskoulun suorittamiseen ihmisläheisessä ja yksilöt huomioivassa oppimisympäristössä. Kunnassa toimii kaksi koulua, niin sanottuna pienten kouluna toimiva Kirkonkylän koulu, josta löytyvät lukuvuonna 2018-2019 esiopetuksen lisäksi luokat 1-2 sekä Korkeakoskella sijaitseva Juupajoen koulukeskus, jossa puolestaan toimivat tänä lukuvuonna luokat 2-9.

Syksystä 2019 alkaen Kirkonkylän koululla opiskelevat kunnan kaikki 0.-2. luokkien oppilaat ja Koulukeskuksella 3.-9. luokkien oppilaat.