Juupajoen kunnan sivistystoimi tarjoaa mahdollisuuden peruskoulun suorittamiseen ihmisläheisessä ja yksilöt huomioivassa oppimisympäristössä. Kunnassa toimii kaksi koulua, niin sanottuna pienten kouluna toimiva Kirkonkylän koulu, josta löytyvät lukuvuonna 2017-2018 esiopetuksen lisäksi luokat 1-4 sekä Korkeakoskella sijaitseva Juupajoen koulukeskus, jossa puolestaan toimivat tänä lukuvuonna luokat 1-9. Syksystä 2018 lähtien Kirkonkylän koululla toimivat esiopetuksen lisäksi luokat 1-2 ja luokat 3-4 siirtyvät koulukeskukselle.