Kunnan päätöksenteosta ja hallinnosta vastaavat valtuusto, kunnanhallitus, lautakunnat ja kunnan henkilöstö kuntalain ja hallintosäännön mukaisesti.

Juupajoen kunnan toiminta-ajatus sekä toiminnalliset ja taloudelliset tavoitteet asetetaan kuntastrategiassa, taloussuunnitelmassa ja talousarviossa.

Kunnan toiminnot jaetaan vastuualueisiin ja nämä tulosalueisiin, jotka muodostavat talousarvion perusrakenteen. Tulosalueet jaetaan tarpeen mukaan vielä tulosyksiköihin.

Tulosalueen ylintä päätösvaltaa käyttää sen vastuualueen lautakunta, jonka alaisuuteen tulosalue kuuluu tai kunnanhallitus, mikäli tulosalue tai toiminta ei kuulu minkään lautakunnan vastuualueeseen. Kunnan henkilöstöpolitiikkaa koskevat periaatepäätökset tekee kunnanhallitus ja yksittäistä työntekijää koskevat päätökset lähin esimies.

Kunnan organisaatiokaavio 2013 (pdf)